虽然发酵过程中产生有机酸类物质，但同时也生成大量的氨。氨是碱性，与酸类中和生成盐类，使垫树酸碱度接近中性。垫料偏碱性时会加速氨气的挥发，使碱性物质减少，而偏酸性条件则利于形成比较稳定的铵盐，减缓氨气的挥发。这样就形成了稳定的酸碱调节机制。
五、适宜的厚度
发酵床垫料必须保持适宜的厚度范围。这有两方面的需要：
一是只有相当的厚度才能保证单位面积内的发酵空间和发酵功率，以满足最大限度地降解粪尿的目的；
二是只有相当的厚度才能有足够的上下保温层保护中间发酵层的热度和正常运行。但垫料太厚，则会导致发酵层温度太高，发酵层透气不良，反而影响发酵效果，同时垫料过厚，不仅使采购垫料的投资过大，也增加以后翻动垫料的难度。
干式和半干式发酵床养鸡适宜的垫料厚度为40厘米左有，而湿式发酵床则要求垫料达到50—60厘米厚度，甚至更厚。
六、适宜的温度
发酵床功能菌的正常生长还需要适合的温度。每种功能曲对温度的适应性也有差异。一般来说，发酵床最适合的发酵温度为30—40℃。特别是在发酵床启动阶段更需要适宜的温度。温度过低不能形成有效的发酵，长时间的低温还会使发形功能面衰败。
在实际应用中，鸡舍内的温度环境完全能达到发酵床发酵的要求，不用专门升温或降温。
